Cidade de fundação fenícia, anterior ao século VIII a.C., é muito provável que a presença judaica em Lisboa seja anterior à chegada das tropas romanas, tendo mantido presença durante o domínio latino, fruto do papel comercial e mercantil da cidade.
Com a Idade Média, na conquista de Lisboa em 1147 por D. Afonso Henriques, primeiro Rei de Portugal, a comunidade era suficientemente grande e próspera para que o rei tenha tomado uma medida invulgar e que marcaria uma política ao longo dos séculos seguintes: protegeu os judeus, quer após a conquista, aquando do saque, quer quando deu Foral (documento que organizava administrativamente a cidade) à cidade em 1170.
A cidade mercantil de Lisboa floresceu com três judiarias, a que corresponderiam cinco sinagogas em 1496, havendo notícia de uma com alguma monumentalidade – a pedra de inauguração encontra-se na Sinagoga de Tomar.
As judiarias situavam-se dentro da cerca Fernandina perto da Rua Nova, centro dos negócios e do comércio marítimo. Eram designadas Judiaria Grande, Judiaria Pequena e Judiaria de Alfama, as duas últimas situadas em frente da zona do porto e dos estaleiros navais.
No bairro de Alfama, encontramos a Rua da Judiaria, onde se situava a judiaria de Alfama, fundada em meados do século XIV praticamente encostada às muralhas da primitiva Cerca Moura. Em frente à Rua da Judiaria e do Largo de S. Rafael, no nº 8 do Beco das Barrelas, situava-se a antiga sinagoga, construída em 1373-1374.
A Judiaria Grande ou Velha estendia-se pelas paróquias de Santa Maria Madalena, São Julião e São Nicolau, e remonta pelo menos ao reinado de D. Afonso III (1210-1279).
A Judiaria Pequena ou das Taracenas foi estabelecida em 1317-1319 pelo rei D. Dinis, nas proximidades da antiga Igreja de S. Julião, onde hoje funciona o Museu do Dinheiro.
A comunidade judaica cresceu e foi alvo da intolerância que varria toda a Europa no final do século XIV. Em 1383 parte da população cristã atacou a maior das judiarias e foi travada pelo Mestre de Avis, futuro rei D. João I.
Ao longo do século XV a comunidade teve um grande desenvolvimento cultural. Desenvolveu uma escola de copistas e de iluminura hebraica com características próprias, e na década de oitenta teve uma das primeiras casas impressoras em Portugal. Na cidade viveram alguns dos nomes mais importantes da cultura judaica da época, como Isaac Abravanel (1437-1508), filósofo e teólogo.
A população judaica, seja a residente há longas gerações, seja a que chegou ao longo do século XV, fugida de Castela, ajudou ao engrandecimento do Reino e da cidade. Contudo, a expulsão e a conversão forçada de 1497 levou a um clima de medo e de perseguição, que teve como ponto alto o massacre que teve lugar em Lisboa a 19 de abril de 1506, hoje recordado no Memorial às Vítimas do Massacre de 1506.
Com a instalação na cidade da sede da Inquisição em 1536, Lisboa foi-se degradando em riqueza, dinamismo económico e vida cultural. Só na segunda metade do século XIX Lisboa teria novamente uma comunidade judaica, que existe ainda hoje, mas nunca com uma vitalidade semelhante à antiga. A principal sinagoga, a Shaaré Tikvah, Portas da Esperança, foi construída em 1904. Há uma segunda sinagoga, a Ohel Jacob, de tradição asquenazita, progressista-liberal.
Hoje, quem pesquisa os estudos sefarditas pode recorrer à documentação guardada em várias instituições de Lisboa, como os Arquivos Nacionais / Torre do Tombo e a Biblioteca Nacional de Portugal, entre outros.